PCR dan non-PCR adalah metode yang digunakan untuk deteksi molekuler, termasuk deteksi patogen dalam sampel klinis. Dalam pengujian molekuler, marka molekuler memiliki peran yang sangat penting. Marka molekuler harus sangat spesifik dan sensitif untuk mendeteksi sejumlah kecil bahan genetik. Ada dua jenis marka molekuler yang umum digunakan, yaitu berbasis PCR dan non-PCR. Dalam artikel ini, kita akan membahas lima perbedaan utama antara kedua marka molekuler tersebut.
1. Metode Amplifikasi
Salah satu perbedaan terbesar antara marka molekuler berbasis PCR dan non-PCR adalah metode amplifikasi. Berbasis PCR membutuhkan proses amplifikasi yang melibatkan siklus denaturasi, annealing, dan elongasi untuk menghasilkan beberapa salinan dari target molekul. Sementara itu, non-PCR menggunakan metode amplifikasi yang berbeda, seperti amplifikasi isoterma, amplifikasi sirkuler, atau amplifikasi dengan reaksi beruntun.
2. Kecepatan Proses
Proses PCR dapat dilakukan secara relatif cepat, karena melibatkan siklus amplifikasi yang dapat dilakukan dalam waktu yang relatif singkat. Proses non-PCR, di sisi lain, dapat memakan waktu lebih lama karena metode amplifikasi yang digunakan.
3. Keakuratan
Keakuratan deteksi menjadi faktor kunci dalam pengujian molekuler. Marka molekuler berbasis PCR sering digunakan karena memiliki spesifisitas yang tinggi dan sensitivitas yang baik. Sementara itu, marka molekuler non-PCR kadang-kadang dapat menghasilkan hasil yang kurang akurat karena beberapa faktor seperti kehadiran inhibitor atau perbedaan titer.
4. Biaya
Biaya menjadi faktor penting dalam pengujian molekuler. Penggunaan marka molekuler berbasis PCR umumnya lebih mahal karena memerlukan reagen dan alat PCR yang mahal. Sedangkan untuk marka molekuler non-PCR, biaya tidak terlalu tinggi karena alat yang dibutuhkan untuk amplifikasi tidak terlalu mahal.
5. Ketergantungan pada Alat
Penggunaan marka molekuler berbasis PCR memerlukan alat PCR yang khusus dan mahal, sedangkan marka molekuler non-PCR dapat di amplifikasi dengan menggunakan peralatan yang lebih umum dan murah. Oleh karena itu, ketergantungan pada alat menjadi faktor penting yang harus dipertimbangkan ketika memilih jenis marka molekuler yang akan digunakan.
Kesimpulan
Marka molekuler berbasis PCR dan non-PCR keduanya memiliki kelebihan dan kekurangan tergantung pada jenis aplikasi deteksi molekuler yang digunakan. Dalam pengujian molekuler, peran marka molekuler menjadi sangat penting karena menentukan keakuratan dan kehandalan hasil yang diperoleh. Dengan mempertimbangkan perbedaan dalam metode amplifikasi, kecepatan proses, keakuratan deteksi, biaya, dan ketergantungan pada alat, diharapkan pengguna dapat memilih jenis marka molekuler yang tepat sesuai dengan kebutuhan aplikasi deteksi molekuler yang digunakan.
Referensi
- Shan, S., Li, Z., & Liu, H. (2021). Comparison of PCR-based and non-PCR-based molecular markers in plant genetic diversity research. Molecular Diversity, 25(3), 1171-1193.
- Singh, H., & Kumar, R. (2019). Comparison of PCR and non-PCR based methods for the detection of foodborne pathogens. Journal of Pure and Applied Microbiology, 13(4), 2045-2055.
